La posizione più naturale per i deisti è rifiutare tutte le forme di soprannaturalismo, comprese le storie di miracoli nella Bibbia. Il fatto è che il rifiuto dei miracoli sembra comportare anche il rifiuto della Divina Provvidenza (di Dio che prende una mano nelle faccende umane), qualcosa che molti deisti sono inclini ad accettare. La maggior parte dei deisti americani, ad esempio, credeva fermamente nella provvidenza divina.
Coloro che credono in un Dio orologiaio rifiutarono la possibilità dei miracoli e della divina provvidenza. Credono che Dio, dopo aver stabilito leggi naturali e aver messo in moto il cosmo, si è allontanato. Non ha bisogno di continuare ad armeggiare con la sua creazione e il suggerimento che lo faccia è offensivo.(Vedi per esempio Thomas Paine ne L’Età della Ragione, Parte 1) Altri, invece, credono fermamente nella Divina Provvidenza e così sono costretti a malincuore ad accettare almeno la possibilità del miracolo. Dio è, dopotutto, onnipotente e può fare tutto ciò che vuole, inclusa la sospensione temporanea delle sue stesse leggi naturali.