L’UDI è stata fondata dall’attivista Nicolas Micheletti , nel gennaio 2013, inizialmente sotto il nome di Deismo Italia . Inizialmente ha adottato il logo dell’artista Ernest Cappa, che richiama l’occhio della provvidenza, un simbolo associato spesso al deismo, in quanto presente in opere deistiche come la Dichiarazione dei Diritti dell’uomo e del cittadino , dei deisti La Fayette e Thomas Jefferson .
Il 9 ottobre 2018 l’UDI si è unita all’Unione Mondiale dei Deisti diventatone l’organizzazione rappresentante in Italia. Il 15 marzo 2022 è stato presentato il nuovo logo, sempre ispirato all’occhio della provvidenza ma con l’aggiunta dei colori italiani. Il 10 aprile 2024, in collaborazione con l’ Associazione Deista di Francia (Association Déiste de France) crea l’ Unione Deista Europea alla quale si unisce anche l’ Unione Deista Spagnola (Unión Deísta Española).